北京市
- 数学与系统科学研究院
- 力学研究所
- 物理研究所
- 高能物理研究所
- 声学研究所
- 理论物理研究所
- 国家天文台
- 自然科学史研究所
- 理化技术研究所
- 化学研究所
- 过程工程研究所
- 生态环境研究中心
- 古脊椎动物与古人类研究所
- 大气物理研究所
- 地理科学与资源研究所
- 地质与地球物理研究所
- 动物研究所
- 植物研究所
- 生物物理研究所
- 微生物研究所
- 遗传与发育生物学研究所
- 心理研究所
- 计算技术研究所
- 工程热物理研究所
- 半导体研究所
- 自动化研究所
- 电工研究所
- 软件研究所
- 微电子研究所
- 北京基因组研究所（国家生物信息中心）
- 青藏高原研究所
- 国家纳米科学中心
- 信息工程研究所
- 空间应用工程与技术中心
- 农业资源研究中心
- 空天信息创新研究院
- 国家空间科学中心
- 科技战略咨询研究院
- 数据与通信保护研究教育中心
- 北京综合研究中心
- 云南天文台
- 新疆天文台
- 长春人造卫星观测站
- 南京天文光学技术研究所
- 天津工业生物技术研究所
- 山西煤炭化学研究所
辽宁省
吉林省
上海市
- 上海应用物理研究所
- 上海天文台
- 上海有机化学研究所
- 上海硅酸盐研究所
- 上海药物研究所
- 上海微系统与信息技术研究所
- 上海光学精密机械研究所
- 上海技术物理研究所
- 上海巴斯德研究所
- 分子细胞科学卓越创新中心
- 脑科学与智能技术卓越创新中心
- 分子植物科学卓越创新中心
- 上海营养与健康研究所
- 上海高等研究院
- 微小卫星创新研究院